On reconnaît une influence génétique à l'expression clinique du nv-MCJ et, très vraisemblablement, à la durée d'incubation.
    Le gène PrP connaît en effet un dimorphisme au niveau du codon 129 qui peut héberger soit une Valine, soit une Méthionine. Ce dimorphisme intervient non seulement dans l'évolution de la N-MCJ, de l'insomnie familiale fatale mais également dans le Kuru. L'homozygotie en 129 semble influencer la reconformation de PrP en PrPsc.
    Ainsi, tous les malades de nv-MCJ recensés à ce jour étaient homozygotes pour l'allèle du gène PrP codant une méthionine en position 129 (au lieu d'une valine).
    A ce jour, seul un patient Met-Val sur ce locus est recensé. Pour l'instant asymptomatique (2006), il aurait été contaminé par transfusion sanguine.
    Deux patients britanniques infectés, homozygotes Val-Val, ont également été identifiés en 2006 à partir d'une étude rétrospective effectuée sur 12.694 amygdales ou appendices retirés entre 1995 et 2000.
    En Grande-Bretagne, concernant les trois combinaisons possibles sur le codon 129, la population se répartit comme suit: Met-Met (40%), Met-Val (50%), Val-Val (10%).
    Si on prend modèle sur le Kuru et sur les cas de MCJ iatrogène, il est vraisemblable que l'épidémie de nvMCJ évoluera par vagues successives, touchant d'abord les homozygotes Met-Met, puis Val-Val et les hétérozygotes Met-Val². Il est également vraisemblable que le tableau clinique sera plus insidieux au cours des vagues suivantes: subclinique ou proche de la MCJ classique. C'est en tout cas ce que laissent présager des travaux menés chez la souris.
    D'après des travaux britanniques, le gène HLA II DQ7 serait en partie protecteur vis-à-vis du nv-MCJ, mais pas de la forme classique de la maladie. Ce gène fait partie du complexe majeur d'histocompatibilité de type II.